Здравствуйте.

При обновлении рабочей копии из апстрима возникаю конфликты в файлах со стратегиями и их UI.

Конфликт я разрешаю как "оставить мои", но при этом если будут глобальные изменения класса для стратегий, то я их не получу.

Кроме того, ко мне подтягиваются xaml файлы от стратегий, которые отсутствуют в моем panelcreator и я их каждый раз удаляю вручную.

Какой должен быть рабочий процесс, чтобы можно было держать свои стратегии отдельно от обновляемых компонентов?

Я могу попробовать сделать дополнение к panelcreator, чтобы была компиляция на лету пользовательских (не дефолтных) стратегий, которые мы будем выносить из проекта. Вот принцип https://blogs.msdn.microsoft.com/abhinaba/2006/02/09/c-writing-extendable-applications-using-on-the-fly-compilation/

При этом решении будет обратная совместимость с прошлыми версиям движка и архитектура сохранится.

Также это позволит менять параметры стратегии на лету без ребилда всего проекта и не нужно будет создавать для этого ui

создавайте своих ботов в новых файлах